تمثل إدارة العمليات والسيطرة والتحكم بوكالة شؤون المسجد النبوي، حجر الزاوية في عمل الوكالة، والذي يرتكز على عدة مهام، منها التنظيم والرقابة والمتابعة واستقبال البلاغات.
ويأتي التنظيم أولاً في مهام إدارة العمليات وذلك عبر غرفة جهاز اللاسلكي، والتي تنظم بيئة العمل بالمسجد النبوي وتتحكم بالإرساليات وتوجيهها بين الإدارات والجهات ذات العلاقة، إضافة لتحديث وتعديل مناطق الصلاة المسموح بها في المسجد النبوي بناء على حالة الإشغال في المسجد من خلال الخدمة الإلكترونية.
وتقوم إدارة العمليات بالرقابة والمتابعة لجميع أرجاء المسجد والخدمات الميدانية عبر شاشات المراقبة التلفزيونية، لتتابع البلاغات الإلكترونية بنظام الوكالة وتستقبل الاستفسارات والاقتراحات والشكاوى على الرقم الموحد 1966 على مدار الساعة من قاصدي المسجد النبوي.
تجدر الإشارة إلى أن غرفة العمليات المشتركة، تعمل بالتنسيق مع الجهات ذات العلاقة خلال موسمي رمضان والحج على مدار الساعة لخدمة القاصدين.
